По QFE летают в России. А FSX сотворен в Штатах, там летают по QNH. Вообще в FS все максимально приближено к тому, как принято в Штатах: построение воздушного пространства, радиообмен, маркировка ВПП и рулежек, светосигнальное оборудование аэродромов и т.д.