uziel

Я могу представить, как бравые водолазы, волокут шланг, каким-то макаром крепят его к лодке и закачивают горючее(лодка на перископной глубине). Но моя фантазия дает сбой, когда я пытаюсь представить, как грузились торпеды.

Да элементарно:
Открыли снаружи пустые торпедные аппараты, загрузили туда торпеды и закрыли, а твои парни выгрузили их обратно в лодку.