Сразу уничтожать то никто не станет. Вдруг мы колония какой-нибудь другой цивилизации, форпост которой находится в другом месте? Прилетят спейсмарины и устроят геноцид уже им. Нафиг связываться.

Сначала начнут похищать (что и делают) для того, чтобы выпытывать информацию, проводить опыты на переносимость радиации, ядов и т.п. Изучать формы правления и социальных структур. Когда станет понятно что никакого протектората у планеты нет (и даже если есть), начнут внедрять агентов-клонов, которые должны собирать информацию изнутри и передавать её в центр, войти во властвующие структуры, чтобы потом рулить планетой и аборигены ничего не заметили, сами начнут добывать всё, что нужно либо не создавать помех пролету своих туристических/боевых/транспортных кораблей. Это долго и нудно, но зато потом не надо будет бегать по джунглям в поисках повстанцев, строить заборы и силовые поля, а потом заставлять работать своих рабочих (хотя на таком уровне наверно нлопетяне уже не работают на тяжелых работах) или завозить "вахтовиков" с порабощеных планет (может их и нет)/или роботов.
Единственное нужно периодически держать аборигенов на поводке, чтобы не создавали технологий способных составить конкуренцию, для этого также внедряются агенты.

имха.