Таки в Унипрофе пожалуй, можно SPI отключить. Во всякоем разе, галка SPIEN там активна. В Поньке точно нельзя было, а в древнем AVRISP, тоже ЕМНИП можно...
Впрочем, утверждать не буду. Сам не пробовал, чего и всем желаю.

PS На всякий нехороший случай, у меня сваян переходник ISP-HiVolt. Пару раз даже приходилось пользоваться.