Погляжу, как стоят фузы в Унипрофе на моей Меге, и отпишусь попозже.
Если кварц стоит, но проц. сконфигурирован для работы с внешним тактированием, или очень неправильно выбран тип резонатора, то работать не будет. Вроде, в Мегах на этот случай, во время прошивки подключается встроенный RC, но я не уверен. Посему нужно на вход CLK Меги подать тактовую частоту порядка сотен килогерц - нескольких мегагерц от внешнего устройства, и пробовать перепрошить.

Ещё у моего Унипрофа есть странное свойство - после каждой сессии, он перестаёт работать. То есть приходится действовать так: записал, закрыл Унипроф, открыл снова, прочёл...