Это не баг, это "фича".
Настройки же эти в полном редакторе - вот и пишутся в миссию.
Согласен, что выбивается из иловской логики, где настройки сложности к миссии не имеют отношения.
Пусть будет фича, в файле миссии.
Но так же нужно сделать чтобы это было в настройках сервера и в консольных командах сервера.