Да - создайте свой 1 скопируйте туда _только то что меняется_, его и запаковывайте - получится 1 пак.
Пак - это дом, а файлы кирпичики, .flatlist - инструкция как из кирпичиков сделать дом.
А у вас получилось, что хотели окна и двери в доме сменить, а в результате понастроили еще 2 дома, поменяли сантехнику, обои и люстры - на такие же точно что и были
P.S. Ресурсы (особенно конфиги) лучше распаковывать из патча, а не из оригинальной игры.