Sharko,нужно,чтобы были разными записи портов в файле confs.ini:
[NET]
speed=5000
serverChannels=54
localPort=21000
SkinDownload=1
difficulty=26932479
serverName==IRSS=International Server
serverDescription=
checkServerTimeSpeed=1
checkClientTimeSpeed=0
socksHost=
checkTimeSpeedDifferense=0.3
checkTimeSpeedInterval=10

[chat]
autoLogDetail=3

[MaxLag]
farMaxLagTime=10
nearMaxLagTime=2
cheaterWarningDelay=10
cheaterWarningNum=3

[Console]
;IP=20000
IPS=
LOG=1
LOGTIME=1
LOGFILE=logs.lst
HISTORY=128
HISTORYCMD=128
LOGKEEP=1

IP=20000
Для второго сервера соответственно 21001 и 20001. Обрати внимание,что у тебя порт консоли 2000,а не 20000, не запутайся с этим.
В файлах confc.ini ничего не трогай. Хотя там у тебя
[NET]
localHost=2000 - это неправильно,localhost-это внутренний адрес машины,на которой стоит сервер,но не порт)) Затри тут значение 2000 совсем.