Мои соболезнования... .
У меня было подобное поведение x52pro, но в значительно меньших масштабах:
периодически кнопки и лампочки начинали жить своей жизнью, наплевав на мои желания - плохой контакт в PS/2 разъемах, просто перевернул кабель , но надо переделать на более надежный. Да еще: иногда если джой перевоткнуть "на горячую", то винда падала в БСОД, но это редко. МФД тоже мерцает при нажатии на кнопки или движение осей. У меня джой подключен в USB материнки.
Для "низкоуровневого" тестирования таких девайсов обычно используют осцилограф, но опять же надо уметь. Вместо спирта можно использовать растворитель 646. Ацетон - не стОит - может какой-нибуть пластик "поплыть". Тут может быть тока один совет и тебе его уже дали - внимательно обследуй все соединения, целостность внутренних проводок, пайки, а также экранирование. Проверь качество эл.питания. Удачи!