Очень просто. В отработанном топливе много короткоживущих изотопов (с периодом полураспада от часов до нескольких лет), которые продолжают свой распад и греют реактор. Кроме того, нейтронное излучение от этого распада вызывает и деление ещё не отработанного топлива. Мощности относительно небольшие, но вполне себе серьёзные для маленького объёма реактора. Даже отработанные кассеты несколько лет хранят в специальных хранилищах, с постоянным охлаждением. И только после этого они идут в переработку.
Т.е., заглушив реактор поглощающими стержнями, можно остановить основную реакцию, но ещё долго (годами) необходимо охлаждать реактор.