Смотря какие моды. FX_Update, например, ставится перым, потом TDW, на него сверху нужные моды из его сборки и другие сторонние, предназначенные для него. При использовании MO все моды устанавливаются поверх МО.
--- Добавлено ---
Интересная идея! Правда о планах реализации чего то подобного не слышал, но могу подкинуть идею на сабсиме. TheDarkWraith сделал много прорывов в СХ5, может и в этом плане чегог придумает.