Про альфа-канал. Посмотри в СХ3 физиономии верхней вахты при разном освещении. В них нет альфы. И они иногда аж зеленеют. А в тех текстурах что с альфой, таких изменений в зависимости от внешнего освещения не замечено. Кроме того в S3D есть еще настройки материалов. Ими тоже что-то можно изменять. Только я не знаю как.
С черными текстурами у меня была такая ерунда в тройке. Там порядок Map Channel был нарушен и текстура теней ложилась сверху. В итоге об'ект стал не пойми какого цвета. Я настроил все как говорено на субсиме - все стало Ок. Только я не из Макса экспортировал а из Wings 3D