Ты не понял)). Исполняемый файл il2server переименовываешь как хочешь, и прописываешь его в конфиге этой утилиты. То есть имя уникальное, другие сервера не затрагиваются. Вот например как у меня прописано:
<ServerCommander.Properties.Settings>
<setting name="ServerPath" serializeAs="String">
<value>f:\Games\Server IL2</value>
</setting>
<setting name="ServerExe" serializeAs="String">
<value>il2server_true.exe</value>
</setting>
<setting name="ServerLog" serializeAs="String">
<value>eventlog.txt</value>
</setting>
</ServerCommander.Properties.Settings>
Для работы с "нехорошими" людьми утилита зело полезна))