Должно все сохранять. Вы никакие галочки в свойствах launcher.exe не ставили случайно?
Про переустановку уже ответили. В Стиме есть команда "проверить целостность файлов" - ее вместо переустановки юзать после удаления 1С Софтклаб.
Запасайтесь терпением, это сложный симулятор только для терпеливыхВсе эти вопросы не форуме обсуждались.