Вообще-то как раз достаточно поменять в конфиге каждой лодки значение параметра SurfaceDepth. В GWX например этот параметр по умолчанию равен 8 метрам для типов 7 и 9 , и 9м для 21. В стоке, чтобы вахта не бросалась задраивать люки, достаточно установить в cfg то же значение.
Вахта остается на мостике и лодка идет под дизелями при установке глубины вручную на меньшее значение, до 7,9м.
Вот подвсплыть в позиционное положение с выходом вахты на мостик неполучится - мостик все равно будет недоступен. Мостик становится доступен только при всплытии лодки (около 6 метров, когда палуба показывается из воды)