Да.
Мораль она независимая характеристика, влияет независимо от опыта, как и в жизни.
Может быть храбрый мотивированный без опыта, а может быть наоборот.
Опыт не влияет в жизни так как вы хотите. Обученный, но неопытный наводчик может стрелять точнее чем обученный опытный, в полигонных условиях, например. А разница в опыте будет проявляться когда они окажутся под обстрелом или в других экстремальных условиях.
Примерно так сделано и в игре.
Неужели особый отбор давал сразу прибавку в опыте? Или отбирали среди марсиан, а не среди обычных людей?
Ну не будет у нас бонусов, не будет
Потому что игрок как командир сам в состоянии отследить этот момент, это часть игрового процесса.
А паническое бегство это уже "рефлекс" независящий от командира.