Я подозреваю, что фараон был сильно не в курсе того, что какая-то часть подданных покинула его. Максимум это было объектом забот какого-нибудь номарха. Что тоже вряд-ли. Когда бы не происходили события конкретно, речь идёт о временах доминирования египта на ближнем востоке, максимального влияния. Царю не было никакого дела до событий подобного масштаба.
Я думаю, что Моисей увел собственно тех, кто принадлежал лично ему (то, что он сам являлся египетским жрецом достаточно высокого ранга сомнению сейчас не подвергается) и вероятно, что это происходило на вполне законных основаниях. Египет вообще достаточно лояльно относился к знати на покоренной территории, практиковались различные способы укрепления своей власти, нь в целом свободу никто не ограничивал.