Пока понятно только что в платах расширения ничего неменялось, в контроллер была возвращена старая прошивка, значит проблема только в подключении. Для начала попробовать каждую плату подключать по отдельности. ну и вот что еще, если сразу обе платы перестали определятся, то возможно повредилась какая то дорожка на основной плате, надо проверить (прозвонить) линии miso, mosi и clk от чипа до разъемов ИН.