Ярлык на рабочем столе обычно один от il2fb.exe , можно вручную создать в принципе. il2set.exe и il2setup.exe смотри по дате, более поздний оставь. Просто из за разности в названии файла, он не подменился новым. DGen.exe и NGen.exe запускаются сами, в нужный момент, вручную не надо.