Распаковать и заменить получилось, а вот запаковать нет. Пункт 1.1 в модтулс не понял.
starter.exe mkflat, users\modwork\my_addon.flatdata, users\modwork\my_addon.!flatlist
куда это "mkflat, users\modwork\my_addon.flatdata, users\modwork\my_addon.!flatlist" прописывается. В название ярлыка, или в свойствах? Как папку sounds запаковать назад в sounds.flatdata? 
Описание добавляемых файлов "sounds.!flatlist" там уже есть. Я первый раз, трудно мне )