Желательно удалить из папки игры BobStatContract.dll и REPKA.Stat.dll (или переименовать). Скрипт тоже не должен использовать фичи старого коммандера. Для этого
Удалить строки
//$reference REPKA.Stat.dll
using RepkaMissionsLib;
BattleName = "new_battle"; // название сражения для вебморды
MapName = "new_map"; // название карты для вебморды
Заменить
public class Mission : RSTMission
на
public class Mission : AMission