состав и структуру отдельной ДНК узнать несложно. участки длинной цепи разбиваются на маленькие фрагменты и вступают в реакцию в маркерами, которые и выделяют отдельные элементы ДНК.
насчет дефектности - в целом все ДНК в группе клеток одинаковы. а поврежденные фрагменты - разные. поэтому сопоставляя статистически разные фрагменты с индивидуальным набор ошибок, там мы получим больше совпадений - с большой вероятностью будет истинный фрагмент. банальный принцип расшифровки тех схем шифрования, которые основаны на заменах.