Проблема с Коброй М5

[UIV]

Первое что поставило в тупик назначение пятого провода в коннекторе USB на плате контроллера. Для чего он? Соединен ли он с землей в наконечнике коннектора USB, подключаемого к порту компьютера?

Это вывод экранирующего провода. Можно соединить с землей. Можно не соединять)))

Для чего заменен стандартный (питание, -, +, земля) порядок расположения контактов в USB разъеме контроллера, на: питание, +, -, земля?

Стандарт USB не оговаривает расположение контактов при использовании не USB-разъемов. Разработчик сам определяет расположение контактов. А кабеля Кобры сделаны в соответствии с требованиями стандарта USB.
Контроллер Кобры на Атмеле сделан на односторонней печатной плате, такое расположение разъемов связано с удобством трассировки платы.

Будет ли марс ВКБ от твиста нормально работать при подсоединении его к оси X или Y на старом амтеловском контроллере. Откалибруется ли он стандартными средствами Windows 7? Если нет, то можно ли его откалибровать каким нибудь другим софтом?

Работать будет.
Попробуйте этот софт http://ftp.vkb-sim.pro/programms/M5_tool.zip

Ну и последнее будет ли работать со старым амтелловским контроллером при прямом подключении в разъем осей крена или тангажа - датчик холла SS-495 или SS-496 (так давно валяется. что уже позабыл точное название))?

Работать будет.