Причина этой ненависти в то время была вызвана всплеском национального самосознания у прибалтов. К тому же весь советский период связывался с репрессиями и с депортациями. Россия и сейчас как пугало используется во внутриполитической жизни этих стран. Но всё равно такого накала как в конце 80 начале девяностых давно уже нет, эта пена сошла. Можно конечно бесконечно говорить что во всём виновата Россия но 23 года истинной независимости и вхождение в НАТО всё боле и более делает эти аргументы неубедительными. Но если Вы считаете себя в чём то перед ними виноватым да ради бога.
А что касаемо Вашего "непонимания" того что происходит на Украине - Вы очень утрируете: "почему они с российскими флагами". Украина как государство в рамках бывшей УССР, и пусть на меня обидятся украинские патриоты, во многом искусственная конструкция. Это не плод государственных усилий народа. Я уже говорил, Украину как государство (каким она была до крымского референдума 2014 года) создали один генсек ВКП(б) и один генсек КПСС. Территории входящие в современную Украину собирали и "связывали" вместе отнюдь не украинцы.