На захламленность системы похоже... Или вирусы... Или наоборот антивирусы...
Я б для сравнения в savemode запустил систему и что-нить тяжелое запустил, типа запаковку\распаковку большого архива в пару гигов. Потом для сравнения в нормальном режиме перезагрузил систему и опять тоже самое проделал. Сравнил бы время исполнения задачи. Было бы наглядно видно, аппаратная проблема или программная...