Информация к размышлению
1. Существующие современные системы ПРО (по умолчанию будем считать, что наши пока самые лучшие), которые корректней называть объектовые системы ПРО вроде не способны сбивать ядерные боеголвки. Например, одна заявленных характеристик по вражеской цели, которую необходимо сбить для комплекса "Антей", это скорость не более 800 м/с. А какая скорость у боеголовки псле отделения от носителя? Наверняка больше.
Поэтому данные обектовые системы ПРО предназначены в основном для уничтожения крылатых ракет.
2. И на "Тополь-М" 12 боеголовок не поместиться. У его предшественика комплекса "Пионер", которые кстати был побольше, было две боеголовки, и у тополя скорее всего тоже, но тогда ракета будет тяжелее и ракетчикам уже не удасться реализовать те уникальные траектории о которых они заявляли.
3. Наиболее перспективным направлением сейчас считается уничтожение носителя на фазе взлета.