1. Зачем скорость прописана два раза - 3000 3000?

Высота, конечно . Я не так давно ввел высоту атаки, отдельно от крейсерской. По умолчанию они совпадают. Это особенно важно, когда низко лететь нельзя (например из за гор), а атаковать надо с малой высоты. То же и у торпедоносцев - их нельзя порождать в воздухе на высоте атаки - кто то обязательно упадет.

2. За что отвечают цифры в конце? Заметил, что у многих самолётов они привязаны к числу членов экипажа: у ИЛов и штук - 2, у ТБ3 -8, У хенка - 5. Зачем это?

Писал вроде уже. Экипаж - но только теоретически. Важно только ноль, или не ноль (только ИИ, или летаемый).

3. Возможно ли сделать регулировку заливки топлива средствами дгена? А то сейчас например Болты летают на 40км за линию фронта, а топлива на 3000км. Да, и вообще, IMHO, если филд прифронтовой нет смысла лить 100. Или например иногда бывают вылеты по отражению налёта бомбёров, когда приходиться с полным баком экстренно лезть на 3км, например на ЯКе,занятие не из приятных. Так такой вылет обычно длиться от силы минут 10-15. Было бы неплохо если бы можно было прописывать количество топлива. Или это трудно реализовать?

Вот как раз на таком уровне - процент топлива на конфигурацию - очень просто. Но вот процент топлива в зависимости от длины полета - это и правда трудно.