Перед тем как работать с любым файлом делай его копию.Сообщение от Bad
Мне удобней побайтово, можешь настроить также (принцип. разницы нет).
Для аккуратной работы не забывай удалять идентификатор и позицию удаленного блока в блоке данных Index (Type 1001).
Работай одновременно с Pack3D, HexEditor (и если хочешь с list of chunks).
В Пак3Д ты быстро находишь координаты блоков.
Используй меню 16-редактора Tools-->FindStrings и Tools-->BookMarks.
Т.е. находишь строки и по ним ориентируешься и расставляешь закладки тоже очень удобно.
Нет давай работать Tug Boat (мои деньги и время).
Скрины остальных выделений для удаления 2-ой мачты Tug Boat: