Да хоть на Е:Дело не в этом, а в расположении файлов il2_atmg.* относительно игры. Как указано в руководстве, эти файлы должны лежать в папке, созданной в главной папке игры.
Предположим, игра лежит в D:\Games\IL-2 Sturmovik Forgotten Battles\... В этом случае наши файлы должны помещаться в папке, скажем, D:\Games\IL-2 Sturmovik Forgotten Battles\ATMG. Тогда программа "увидит" папку Missions и т.д. Коль скоро она создала папку Missions в корне диска D:, то это говорит о том, что программа лежит в папке первого уровня, т.е. созданной в корне файловой системы диска D: (очевидно, D:\ATMG\?).