Конечно два лучше. По крайней мере если конкретно схлопнется система и под боком не будет ничего (или никого) сильнодействующего для восстановления. Проще за час заново поставить.
У меня вообще четыре винта. Два в рэйде, один отдельно и один с дублирующей системой на крайняк на FAT32. На случай всякой дряни типа плохоубиваемой adware и редких случаев сидения в DOS.