Похоже на недостаток памяти: кадры, которым не хватило памяти, наверное просто скипаются.
Кстати, иногда в логе можно обнаружить странные сообщения вроде "Time overflow (1541): speed 0.8426966" или вот такие замечательные exception'ы:
[16:34:16] java.lang.NullPointerException
[16:34:16] at com.maddox.il2.objects.vehicles.tanks.TankGeneric$Move.tick(TankGeneric.java:1532)
[16:34:16] at com.maddox.il2.engine.Interpolators.tick(Interpolators.java:222)
[16:34:16] at com.maddox.il2.engine.Actor.interpolateTick(Actor.java:434)
[16:34:16] at com.maddox.il2.engine.InterpolateAdapter.msgTimeOut(InterpolateAdapter.java:174)
[16:34:16] at com.maddox.rts.MsgTimeOut.invokeListener(MsgTimeOut.java:73)
[16:34:16] at com.maddox.rts.Message._send(Message.java:1217)
[16:34:16] at com.maddox.rts.Message.sendToObject(Message.java:1191)
[16:34:16] at com.maddox.rts.Message.sendTo(Message.java:1134)
[16:34:16] at com.maddox.rts.Message.trySend(Message.java:1115)
[16:34:16] at com.maddox.rts.Time.loopMessages(Time.java:248)
[16:34:16] at com.maddox.rts.RTSConf.loopMsgs(RTSConf.java:106)
[16:34:16] at com.maddox.il2.game.MainWin3D.loopApp(MainWin3D.java:131)
[16:34:16] at com.maddox.il2.game.Main.exec(Main.java:323)
[16:34:16] at com.maddox.il2.game.GameWin3D.main(GameWin3D.java:235)
Что явно своидетельствует о связи времени игрового мира с производительностью компа.
Но это все, видимо, слишком глубоко для топика, факт в том, что время в игре течет самостоятельно и таймер в проге будет бесполезен.