Зачем удалять? Отмечай в левом окне объекты, у которых координаты вписываются в нужный тебе квадрат и переноси...
я про полный редактор.
утилиту вашу пока не смотрел, но она ведь не графическая у вас, а текстовая?
значит, чтоб выделить группу, надо отсмотреть все координаты, сравнить с тем что мне надо и отметить? не намного это проще, чем в текстовом редакторе поиском искать. а если объектов несколько сотен?
к тому же координаты бывают как 1234.56 так и 1234567.89