Потопление не засчитывается, если:
1) Между первым попаданием торпеды в транспорт и затоплением этого транспорта игра сохранялась.
2) Если использовался магнитный взрыватель и слишком большое заглубление торпеды. То есть намного глубже осадки цели. В этом случае после взрыва торпеды под килем цели может следовать доклад "торпеда прошла мимо"
Это мои наблюдения, может быть есть еще "если". GWX тут ни при чём, скорее всего.