Ну а как по-Вашему отставка повлияет на ситуацию??? Что, все теперь испугаются и резво кинутся чистить ряды и бороться с дедовщиной (хотя здесь еще не факт, что в ней бело)? А то что теперь там все больше объясниловками и отмазками занимаются да подковерщиной в ущерб работе - так это к гадалке не ходи.
Как наказывать? Штрафами, лишением премий, возможно, привилегий - но не отстранением от РАБОТЫ! Как он теперь сможет исправить ситуацию? Никак - он же отстранен.