Я ещё поковырялся в SAGA и по первым двум пунктам,вроде как можно и через неё работать,совместить карту высот и топокарту.Для этого необходимо привести их к одинаковой проекции UTM,а что бы они совпали надо просто определить какой кусок там и там нужен,ввести его координаты в десятичных крадуса( предварительно провести так называемую процедуру привязки) и программа сама отрежет всё лишние,а два полученных куска будут совпадать друг с другом.Но вот как привести пиксель к 1 метру? В уроке на сайте гис написанно следующие:"В результате перед вам появится окно, в котором нужно будет ввести номер зоны UTM, а после — окно с параметрами растра в новой СК (охват, пространственное разрешение, соответствующее количество строк и столбцов матрицы). При этом по умолчанию предлагается размер ячейки ≈90 м, как это и заявлено для данных SRTM. Но для дальнейшего анализа такое пространственное разрешение не очень удобно, поэтому воспользуемся диалогом для его изменения.
Один из простых способов определиться с размером ячейки рассмотрен в статье Hengl, 2006. Согласно предложенному правилу, размер ячейки должен быть равен 0,5 мм аналоговой карты в масштабе исследования. Т.е., если в качестве рабочего масштаба мы выберем масштаб топокарты 1:100 000 (кроме того, именно этому масштабу согласно большинству выводов соответствуют данные SRTM), размер ячейки растра составит 50 м. Обратите внимание, что при вводе числа автоматически пересчитываются и другие значения." Какой размер ячейки растра нужен для соответствия 1м=1пиксель?
Экспортировать программа может и в 16 бит,в формат GEOTIF например. По третьему пункту как то не очень понятно,зачем отрезанное всё лишнее потом делать кратным 2048м,если оно лишнее?