Герметизация - стандартная процедура изготовления самолета предусматривающая в первую очередь установку уплотнений (или чтобы понятнее было - резинового канта) например на люках.
Шпаклевание - это несколько другое, когда щель от лючка замазывается (например пластилином) до состояния РОВНОЙ поверхности. Разницу улавливаешь?