Этот баг, похоже, локализовал:
Если в миссии, где нам должны дать не полный боекомплект, в брифинге, т.е. на карте непосредственно после загрузки, ещё до начала игры указать, куда ехать, с помощью кнопки "движение в заданный район", то при начале игры боекомплект будет полный.
Если же ничего не указывать и начать игру, то дают тот боекомплект, что судя по всему и задумывался для данной миссии.
Другие кнопки не проверял, может они тоже влияют.
Так что, в этом случае старый конфиг и его удаление как бы и не причём