Как писал Andrey12345 можно или в текстуре или в редакторе контуром.
Лично я предпочитаю в текстуре.
Для этого в Photoshop или Gimp создаем отдельный слой для реки. В этом слое инструментом карандаш толщиной в один пиксель (если текстура 256x256) или толще (если реку нужно шире) рисуем реку (с зажатой клавишей SHIFT) в виде линии и она должна быть темнее самого темного участка текстуры (но не намного, иначе будем иметь 20-метровые котлованы).
Далее притайливаем этот слой, т.е. соединяем линию нашей реки на краях текстуры, чтобы не было потом разрыва реки на полигоне:
Gimp. Жмем CTRL+Shift+O. Устанавливаем значения (для слоя 256x256) X=128, Y=128 (или просто на кнопку x/2, y/2) или "Слой->Преобразование->Смещение"
В Photoshop. Filters->Other->Offset
Где нужно стираем, где нужно дорисовываем.
Потом также возвращаем слой реки в исходное состояние - река уже будет притайлена, т.е. повторяться за пределами полигона.
Далее делаем копию слоя (или пару копий). ПКМ на слое - копировать.
Один верхний слой с рекой как правило не трогаем.
Со слоем который находится ниже начинаем колдовать - это и будут берега.
Для начала можно на него наложить фильтр - гауссовское размытие (Gaussian Blur). Если нужен разлив реки или заболоченное место можно нарисовать рядом с рекой участок немного светлее чем линия реки. Ну и так далее.
Последним этапом подгоняем уровень воды в конфигурации полигона под нужный уровень реки.
Броды также можно делать в текстуре, но конечную высоту брода лучше полировать отдельным замкнутым контуром с установкой абсолютного значения высоты и дополнительным свойством - размытие. Абсолютное значение высоты на полигоне в заданном месте можно посмотреть в редакторе, на панели внизу, например если подвести мышку к урезу воды.
Как ставить мосты можно посмотреть здесь
http://forum.graviteam.com/viewtopic.php?t=304#720
P.S. Конечно можно что-то такое же сделать и контурами с установкой высот, но имхо получается не так естественно.