Проценты получаются потому, что наличие пилота - это не только дополнительные агрегаты. Это ещё и особенности конструктивно-силовой схемы.
Например, в районе кабины шпангоуты фюзеляжа не замкнуты, остекление выполняется не несущим, перегородки выполняются герметичными, продольные силовые элементы приходится разводить по сторонам кабины либо под ней.
Вентилирование и кондиционирование кабины требует отбора воздуха из компрессора двигателя - это снижение его КПД, а значит опять вес.
Да и вообще - наличие человека на борту предъявляет повышенные требования к надёжности - что, в конечном счете, опять отражается на весе.