Существовало несколько алгоритмов и соответствующего технического оснащения наведения ракеты на цель. По одному варианту бортовой транспондер ракеты передавал радиосигнал на устройство определения координат «Rheinland», которое определяло азимут и угол прицеливания. После этого информация передавалась в вычислитель, где она сравнивалась с данными координат ракеты по наземному радару. Рассчитанная поправка на управляющие органы ракеты передавалась на борт ракеты радиосигналом. Принятые ракетой радиосигналы дешифровывались и усиленные передавались на исполнительные механизмы (рулевые машинки фирмы «Аскания»), которые управляли воздушными рулями ракеты. Таким образом это была первая в мире система наведения ракеты по лучу радара.
По другому варианту управление ракетой осуществлялось при помощи впервые разработанной в Германии радиолокационной системы наведения с использованием двух РЛС. Одна РЛС следила за целью, вторая отслеживала саму ракету. Отметки на экране электронно-лучевой трубки от цели и ракеты оператор совмещал вручную при помощи ручки управления «кнюппеля» (первого в мире джойстика). Сигналы от «кнюппеля» поступали в счётно-решающие устройства фирмы «Сименс» (прототип первых ЭВМ, в которых использовались не только электронные но и электромеханические и даже механические компоненты). Команды от ЭВМ «Сименс» поступали по радиоканалу на борт ракеты, где рулевые машинки управляли воздушными рулями ракеты.
По третьему варианту управление ракетой осуществлялось упрощённым способом при помощи наведения ракеты оператором на цель при помощи «кнюппеля» (первого вида джойстика) чисто визуально. Такой вид управления был отработан ещё при испытаниях баллистической ракеты V2 в качестве дублирования автоматического управления при отказах.
Существовал также четвёртый вариант управления, где на конечном участке траектории полётом ракеты управлял инфракрасный датчик, то есть это была первая инфракрасная система наведения.
В результате экспериментов конструкторы «Васерваля» остановили свой выбор на двухлокаторной системе наведения. Первый радар отмечал самолет противника, второй зенитную ракету. Оператор наведения видел на дисплее две отметки, которые стремился совместить с помощью ручек управления. Команды обрабатывались, и по радиоканалу передавались на ракету. Передатчик Wasserfall, получив команду, через сервоприводы управлял рулями — и ракета меняла курс.