"Еще такой вопрос: какие файлы отвечают за метки своей подлодки и других кораблей на глобальной карте (по виду F3, по умолч.)? В GWX, к примеру, у метки подлодки нету "хвостика", как и у других меток. Хочу их убрать. И как сменить цвет этих меток."

Ну вообще в ТМО убрано это.То есть нет хвостиков и вместо корабля на карте черная точка.
А так за это отвечает папка Units.
C:\My Games\SH4 MAIN\Data\Menu\Gui\Units

Так же файлы в папке Sea.(........._shp)
C:\My Games\SH4 MAIN\Data\Sea