Этот баг пофиксен только в релизе.
Методом втыка выяснил, что прозрачный квадрат появляется при разрешении 1600х900 и более в настройках игры. Играл всегда в полноэкранном. Пробовал ставить оконный, но разницы не увидел, все так и осталось в фуллскрине.
В общем, все понятно, до релиза играем так