Имхо:
если уж шифровать , то только пофайлово , ни в коем случае не носитель или раздел файловой системы . Наблюдал людей , которые теряли часть работы из-за сбоев диска. Хорошо , что были незашифрованные бекапы .
Поинтересуйся как работает то же TrueCrypt в плане восстановления инфы в случае сбоя оборудования. Никаких проблем если инфа бэкапится и криптованная кладется на хранение нет тем более.