Дело скорее всего в терминологии. В программе есть понятие Основного джойстика и дополнительного. При этом у любого из них могут быть номера DirectX устройстка как 0, так и 1.
Скорее всего на этом этапе Вы путаницу и внесли.
Не на 0, а на Основном. Если нужна эта функция, то выставьте правильно на закладке Джойстик номер основного джойстика. И подберите номер дополнительного, только после этого можно жальше приступать к назначениям кнопок.
Генераторы и прочее привязываются к основному или дополнительному джойстику. Если поменять местами их номера, генераторы работать перестанут - кнопки-то сменились.
Выбрать основной джойстик РУС. Потом переназначить правильные кнопки джойстика.
Вам в помощь есть вкладка
Config.exe / Кнопки / Текущие настройки кнопок в INI /
Двойной клик в строке приведёт к переключению на дерево и сразу можно назначить нужную комбинацию или очистить.
Вот так включая эту закладку и выбирая очередную неправильную комбинацию кнопок можно быстро всё поправить, если это понадобится.