Подрыв ЯБЧ в верхних слоях атмосферы действительно создаст проблемы для ПРО.
Начиная с ионизации ионосферы вызовущей серьезные (хоть и не слишком продолжительные) помехи в работе РЛС , заканчивая возможностью воздействия ЭМИ на аппаратуру.
Впрочем последний фактор на самом деле неособо серьезен.
Вообще же если дело дошло до МБР , то это уже армагедец - хоть с ПРО хоть без.