Сам лично не проверял, так как клиент у меня все был родной. Без изменений. Но мои ребята говорили, что да, пашет этот конфиг:
checkRuntime=2
То есть, с модами и изменениями, не пускает сервак. Может нужно дословно писать? Без заглавной буквы "T".
А вообще, это защита от дурака. Особенно ушлые и упертые уже обходят эту защиту. Обидно, но факт.
--- Добавлено ---
Скорее всего нет. Не встречал такого.