В момент лагов хорошо бы зайти на сервер, посмотреть загрузку проца. Возможно 1е ядро на 100% загрузилось. Если в этом приина, можно попробовать CPU Control снова вернуть или придется на десктопную систему снова смотреть: на ней ядра ровнее грузятся почему-то. Кстити, почему? Скриптом нельзя загрузку ядер поправить?