Я тоже сначала так подумал, но по сути там два разных конфига. Вот к примеру это шапка их документов:
[BOB]
AntiEpilepcy=0
EpilepsyFilter=0
[window]
DepthBits =24
StencilBits=8
DrawIfNotFocused=0
SaveAspect=0
Render=D3D10_1
width=1280
height=1024
ColourBits=32
FullScreen=1
ChangeScreenRes=1
Frequency=60
posLeft=0
posTop=0
StereoMode=0
А вот из директории с игрой:
[BOB]
[window]
DepthBits =24
StencilBits=8
DrawIfNotFocused=0
SaveAspect=0
И с папками Skins подобная петрушка...