Дык это, а файл SH3.exe в папке то есть или как?
Чтобы внести эти изменения в Sh3.exe лучше взять "чистый" (не патченный!!!) ехе-файл (его можно получить из бэкап-файла Sh3.old путем изменения расширения с .old на .exe) и заново все собрать.
Инструкция по установке патча
В разделе "Прошивка sh3.exe" пункт 5. В этом месте и надо менять положения слайдеров