Ну тогда звони ss(5 пин) на всём продолжении от и до, на сколько я понимаю он за определение платы отвечает
--- Добавлено ---
На контроллере это лини D идут от ALS138
Но ведь сама плата atmega88 прошивается нормально и опредиляется при нажатии на кнопку определить.
Или процес прошивки и определения в конфигураторе это по разным соединениям идет. Я не электронщик так что извините если фигню сказал. Но очень хочется запустить плату.